Call for Students DNA BARCODING PAPUA

TENTANG KAMI

Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong (Politeknik KP Sorong) adalah bagian dari 11 perguruan tinggi Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP). Kami telah menyelenggarakan penelitian dan inovasi bidang kelautan dan perikanan sejak 2001 di wilayah tanah Papua (Saat ini 6 Provinsi). Kaitannya dengan penelitian, kami mengkaji hampir semua ekosistem akuatik, baik freshwater maupun marine spectrum. Beberapa penelitian kontekstual, terbesar dan berdampak yang telah kami laksanakan sebagai berikut:

(1) Project New Guinean Rainbowfishes: Evolution, Systematic, Conservation and Domestication (2007-2025), kami telah mengeksplorasi >1.400 sungai/drainase, melibatkan 25 personil, 8 lembaga dan 4 negara. Dalam kurun waktu tersebut, kami telah mendepositkan penemuan 15 spesies baru untuk sains, menghasilkan > 500 Barcodes Sequences Cox-1, mendomestikasi 14 spesies/populasi baru untuk akuakultur dan bidang ornamentalfishes yang kini telah diperdagangkan luas di Indonesia, Eropa dan Amerika. Selain itu, penelitian longterm ini menghasilkan 2 orang PhD di Eropa, 3 Magister dan 6 sarjana. Setelah 6 kali ekspedisi internasional, mengeksplorasi belantara dan remote area di Papua, kami menghasilkan documentary film yaitu Papouasie: enfer et Contre Tout, yang telah sukses ditayangkan pada Channel TV Global dan meraih 6 European Awards (Prize Exploreimages, Prize Ushuaia, Prize Espoir CMC, Prize Alain Estève, Prize Val d’Isère: Public grand Prize, Prize Val d’Isère: Eagle Gold adventure). Selain itu, kami mendapatkan 3 anugerah tanda kehormatan bidang science: Mahar Schutzenberger (AFIDES Paris), Satyalancana Wirakarya (Presiden RI), dan Bintang Chevalier, Ordre des Palmes académiques (President Republic Français).

(2) Project Lengguru: Biodiversity assessment in reef twilight zone and cloud forests 2010-2020, melibat >100 personil, 12 disiplin ilmu, 15 lembaga, 8 negara, 2 kapal, dan mengeksplorasi mulai dari laut (depth 100 m) hingga gunung Kumawa (ketinggian 1.200 m). Selama 1 dekade program riset internasional Lengguru (2010-2020), kami menemukan >20 spesies baru (multitaksa), lebih dari 3.000 DNA Sequences (reef fishes, freshwater fishes, mammals, birds, reptils dan tumbuhan), lebih dari 30 papers multidisipliner, serta meluluskan Ph.D dan MSc scholars dalam dan luar negeri. Pada penelitian Kelautan, kami menerapkan pendekatan eDNA Metabarcoding untuk inventory multispesies pada spektrum -200 m hingga permukaan laut. Hubungannya dengan diseminasi, kami telah melaksanakan >20 diseminasi untuk masyarakat dari berbagai kalangan (Indonesia dan Europe). Kaitannya dengan difusi spirit pentingnya perlindungan biodiversitas Papua, kami telah menghasilkan 6 film dokumenter, satu diantaranya adalah Lengguru, a lost word, yang telah sukses ditayangkan di beberapa channel TV Internasional.

PROGRAM

1. MUKADDIMAH CALL CANDIDATES
Tawaran penelitian untuk mahasiswa Magister dan program Sarjana tahun 2026 adalah bagian dari program penelitian berdampak dan co-supervising Politeknik KP Sorong, implementasi program consortium International Joint Laboratory (IJL SELAMAT: BRIN-IRD-POLITEKNIK KP SORONG), dan menjadi tindak lanjut kolaborasi sains dengan DUDI Perikanan, Asosiasi Nirlaba, dan lembaga swadaya masyarakat. Program ini melibatkan multipihak yang diarahkan untuk meneliti aquatic biodiversity di perairan Papua dengan pendekatan molecular systematic yang memanfaatkan fragmen Cytochrome c oxidase subunit 1 (Cox-1) yang populer dikenal DNA Barcoding. Kami mengundang candidates terbaik mahasiswa program Magister dan Sarjana untuk bergabung dengan tim DNA Barcoding di Politeknik KP Sorong, Papua Barat Daya.

2. RUNDOWN PENELITIAN

2 Maret 2026: Sosialisasi program dan pembukaan pendaftaran Program DNA Barcoding
30 April 2026 : Batas akhir pendaftaran program
1 - 5 Mei 2026 : Seleksi
8 Mei 2026: Pengumuman hasil seleksi
12 Mei 2026: Pertemuan online
1 Juni 2026: Masuk laboratorium dan penandatanganan kontrak
2 Juni - 31 Agustus 2026 : Pelaksanaan penelitian
1 September - 14 Desember 2026 : Penulisan publikasi ilmiah dan thesis/skripsi
15 Desember 2026 : Terminasi program DNA Barcoding Papua

3. HAK DAN KEWAJIBAN MAHASISWA
3.1 Hak Mahasiswa peserta program

Kebijakan biaya gratis selama proses sampling/pengambilan sampling di lapangan
Kebijakan biaya gratis pengadaan bahan penelitian dan kebutuhan selama kegiatan laboratorium
Kebijakan biaya gratis publikasi ilmiah pada jurnal bereputasi internasional
Mendapatkan biaya gratis fasilitas kamar inap jika tinggal di dalam kampus Politeknik KP Sorong
Memperoleh bimbingan akademik dan teknis penelitian dari co-supervisor yang berasal dari Politeknik KP Sorong serta mitra konsorsium International Joint Laboratory (IJL SELAMAT)
Mengakses fasilitas penelitian, laboratorium, dan sumber daya ilmiah yang tersedia sesuai dengan ketentuan institusi dan mitra kerjasama
Memperoleh pengakuan kontribusi ilmiah dalam bentuk co-authorship pada publikasi ilmiah atau luaran akademik lainnya
Mendapatkan sertifikat atau surat keterangan resmi sebagai peserta Program DNA Barcoding Papua
Mengembangkan jejaring akademik dan saintifik melalui kolaborasi dengan peneliti, mitra industri, asosiasi, dan lembaga nasional maupun internasional

3.2 Kewajiban Mahasiswa

Mematuhi seluruh ketentuan, pedoman, dan jadwal yang ditetapkan dalam Program DNA Barcoding Papua
Menjunjung tinggi etika penelitian, integritas akademik, dan kaidah ilmiah, termasuk dalam pengambilan sampel, analisis data, dan pelaporan hasil penelitian
Melaksanakan kegiatan penelitian sesuai dengan rencana kerja yang telah disepakati bersama supervisor dan co-supervisor
Menyampaikan laporan kemajuan dan laporan akhir penelitian secara berkala dan tepat waktu
Menjaga nama baik Politeknik KP Sorong, mitra konsorsium, serta seluruh pihak yang terlibat dalam program
Bersedia terlibat dalam kegiatan diseminasi hasil penelitian, seperti seminar, publikasi, atau kegiatan ilmiah yang relevan
Menyediakan biaya perjalanan dari kampus asal ke kampus Politeknik KP Sorong, Papua Barat Daya
Menyediakan biaya living cost (Makan harian)

4. SYARAT PENDAFTARAN, SELEKSI, PENGUMUMAN

4.1 Syarat Pendaftaran

Mahasiswa aktif Program Sarjana (S1) atau Magister (S2) dari perguruan tinggi terakreditasi
Memiliki minat dan/atau latar belakang keilmuan yang relevan dengan bidang Biologi perairan, Perikanan, Kelautan, Bioteknologi, Ilmu lingkungan atau bidang terkait
Menyiapkan dan mengunggah dokumen pendaftaran yang meliputi foto close-up ukuran 3 x 4, Ijazah terakhir, KTP, dan KTM.
Bersedia mengikuti seluruh rangkaian kegiatan program hingga selesai

4.2 Proses Seleksi

Seleksi administrasi, untuk memastikan kelengkapan dan kesesuaian dokumen pendaftaran
Seleksi wawancara untuk menilai motivasi, komitmen, serta kesiapan calon peserta dalam mengikuti program penelitian kolaboratif

4.2 Pengumuman

Pengumuman hasil seleksi disampaikan melalui laman resmi dan surat elektronik kepada peserta.
Peserta yang dinyatakan lolos wajib melakukan konfirmasi dan kesediaan mengikuti program dalam jangka waktu yang ditentukan
Apabila peserta mengundurkan diri, panitia berhak menunjuk peserta pengganti berdasarkan hasil seleksi

5. DOKUMEN KERJASAMA DAN KONTRAK PENELITIAN

Kami mengedepankan mutual partnership dan kesetaraan. Dari pihak kami, dokumen kerjasama akan diproses oleh Kantor Urusan Internasional, Inovasi dan Kemitraan (KUNIRAN), dimana dokumen (MoU atau PKS) akan ditandatangani oleh Dekan dan Direktur Politeknik KP Sorong. Sedangkan kontrak penelitian (bersifat sangat teknis), akan diproses oleh KUNIRAN setelah kandidat telah berada di Sorong.

6. MEKANISME PEMBIMBINGAN

Pada konteks Co-supervising, pembimbing pertama berasal dari dosen universitas asal, sedangkan pembimbing kedua berasal dari Politeknik KP Sorong (SK pembimbingan dikeluarkan oleh pihak Universitas asal mahasiswa), sedangkan Surat Tugas selama kegiatan penelitian di Papua akan dikeluarkan oleh Politeknik KP Sorong. Selain itu, mahasiswa akan mendapatkan bimbingan tambahan secara teknis dan spirit ketuntasan penelitian (tanpa SK) dari BRIN dan IRD serta mitra lainnya. Mulai penyusunan proposal hingga ujian sidang akhir program, dilakukan secara bersama dengan mahasiswa dan kedua pembimbing. Namun, selama mahasiswa berada di Papua, pembimbing kedua memberikan peran sangat vital mulai dari sampling lapangan, kegiatan laboratorium, analisis data hingga writing publikasi dan laporan tugas akhir (Thesis/Skripsi).

7. TENTANG DNA BARCODING PAPUA
DNA barcoding adalah metode identifikasi spesies yang menggunakan fragmen pendek sekuens DNA, yang menggunakan bagian dari mitokondria, yaitu Cytochrome c Oxidase I (Cox-1). Pendekatan ini bertujuan untuk membedakan satu spesies dari spesies lainnya berdasarkan variasi genetik (intra dan interspesifik). Metode ini sangat efektif dalam mengidentifikasi spesies yang sulit dibedakan secara morfologi, termasuk spesies kriptik dan tahap larva, sehingga mempercepat inventarisasi keanekaragaman hayati. Prosesnya meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi gen target menggunakan PCR, sekuensing, serta alignment hasil sekuens dengan basis data referensi BOLD Systems atau GenBank. Dalam penelitian taksonomi, DNA barcoding membantu klasifikasi status spesies dan mendukung penemuan spesies baru. Dalam bidang ekologi dan konservasi, teknik ini digunakan untuk pemantauan biodiversitas, deteksi spesies invasif, dan perlindungan spesies terancam. Di sektor perikanan dan akuakultur, DNA barcoding berperan penting dalam memastikan keakuratan identifikasi spesies komersial, asal usul benih dan indukan serta mencegah praktik mislabeling dan perdagangan ilegal. Keunggulan metode ini yaitu penerapannya relatif cepat, akurat, dan dapat diaplikasikan secara luas pada beberapa taksa. Namun demikian, efektivitasnya sangat bergantung pada kelengkapan dan validitas database referensi yang tersedia. Seiring perkembangan teknologi sekuensing dan bioinformatika, DNA barcoding semakin menjadi instrumen penting dalam penelitian molekuler dan pengelolaan sumber daya hayati secara berkelanjutan. Sejak 2010, ikan rainbowfish (Melanotaeniidae) dari Papua adalah taksa yang pertama kali di-barcode secara standar di Indonesia, dimana pada saat itu, kami telah mem-barcode semua nominal spesies ikan rainbow dari Papua Indonesia, Papua New Guinea, Australia dan Madagascar. Selanjutnya pada 2014, tim kami mengaplikasikan luas pendekatan DNA barcoding untuk kajian di program riset internasional Lengguru, yang menyasar barcoding ikan, mamalia, reptilia, dan burung.

8. TOPIK PENELITIAN
Kami menawarkan serangkaian topik penelitian dalam bidang aquatic biodiversity di perairan Papua sebagai berikut:

Mahasiswa program Magister

DNA barcode unveils species diversity of the marine biotas in Arafura Sea
Barcoding and genetic diversity of the bivalves inhabiting natively in Papua
Phylogenetic Relatedness and Genetic Divergence of the prawn Species in the Vogelkop of Papua Revealed by DNA Barcode.
DNA Barcoding of commercialized seafood distributed in Papua

Mahasiswa Program Sarjana

Molecular Characterization and DNA Barcode Reference Library of the Deep-Sea Fishes from the Vogelkop of Papua
Identification of sharks and rays species using DNA barcoding: a special case in the Vogelkop of Papua

9. SAMPLING

Dengan menggunakan protokol standar molekuler, lokasi pengambilan sampel dilakukan di (1) wilayah perairan laut Arafura dengan bantuan Mitra DUDI, spot pengambilan sampel dan preservsi spesimen telah sebagian dilaksanakan dan tissues telah disimpan pada pendingin (2) Spesimen biota laut Deep Sea dilakukan sebagian dengan bantuan Asosiasi yang telah mengambil pada kedalaman sekitar 200 m. Sedangkan spesimen tambahan akan dilakukan secara bersama dengan mahasiswa dan tim Sorong (3) Spesimen sharks and rays diambil dari hasil tangkapan nelayan di pelabuhan perikanan (4) Spesimen frozen seafood akan diambil di 8 titik lokasi di beberapa retail di tanah Papua (6 provinsi) (5) Sedangkan spesimen Prawn ditangkap dari 10 lokasi di wilayah daratan Papua.

10. LABORATORIUM

Seluruh rangkaian analisis DNA akan dilaksanakan di Laboratorium Terpadu, Sub Unit Laboratorium Bioteknologi dan Molekuler, Politeknik KP Sorong. Kegiatan laboratorium mencakup preparasi dan dokumentasi jaringan (tissue preparation), ekstraksi DNA genom, amplifikasi DNA menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan target gen Cytochrome c oxidase subunit 1 (COI/Cox-1) sebagai penanda DNA Barcoding, serta verifikasi hasil amplifikasi melalui elektroforesis E-gel Invitrogen. Seluruh material biologis, DNA hasil ekstraksi, dan produk PCR akan dikelola dan disimpan sesuai dengan standar biosafety, biosecurity, serta prinsip Good Laboratory Practice (GLP) untuk menjamin kualitas data, ketertelusuran sampel, dan keberlanjutan penelitian. Kegiatan laboratorium dilaksanakan di bawah supervisi dosen pembimbing dan peneliti mitra, dengan pelibatan aktif mahasiswa pada setiap tahapan analisis guna meningkatkan kompetensi praktis biologi molekuler dan pemahaman metodologi DNA Barcoding.

11. SEQUENCING

Tahapan sekuensing dilakukan di laboratorium mitra yang telah terstandarisasi. Mahasiswa akan mendapatkan penjelasan dalam seluruh tahapan, mulai dari optimalisasi PCR, verifikasi hasil amplifikasi melalui elektroforesis, hingga interpretasi awal hasil kromatogram sekuens.

12. ANALYSIS DATA

Analisis data dilakukan secara komprehensif dengan pendekatan molecular systematic. Data sekuens DNA yang dihasilkan akan melalui tahapan editing, alignment, dan quality control menggunakan perangkat lunak bioinformatika (e.g MEGA Software). Identifikasi spesies dilakukan dengan membandingkan sekuens terhadap basis data global DNA Barcoding (GenBank) dan BOLD System. Analisis lanjutan mencakup rekonstruksi hubungan filogenetik, estimasi keragaman genetik, serta interpretasi pola biodiversitas akuatik di perairan Papua. Hasil analisis akan menjadi dasar penyusunan skripsi/tesis, serta publikasi ilmiah.

13. MEKANISME PUBLIKASI BERSAMA

Paper publikasi ilmiah ditulis secara bersama dan masing-masing personil terkait memberikan kontribusi (Mahasiswa, Pembimbing, tim Sorong, dan mitra). Penulis pertama adalah mahasiswa, sedangkan corresponding author adalah pembimbing kedua di kampus Sorong. Biaya publikasi menjadi tanggungan Program. Tiap paper yang terpublikasikan akan dipresentasikan dalam mini seminar dan diadakan syukuran di Laboratorium sebagai bagian dari tradisi memupuk atmosfer dan moderasi saintifik. Tesis dan Skripsi disusun secara bersama.

14. SIDANG UJIAN AKHIR DAN WISUDA

Sidang ujian akhir akan dihadiri oleh pembimbing dan tim Sorong sebagai bentuk dukungan sejawat. Wisuda dilakukan secara mandiri, dengan memberikan special podcasting tentang kesan dan pesan selama mengikuti program.

15. TERMINASI PEROGRAM

Terminasi program dilakukan lewat meeting (zoom atau offline) dengan personil terkait, sekaligus mengevaluasi program. Tiap personil, mitra yang terlibat memberikan inputan konstruktif sebagai bagian dari continuous improvement.

KADARUSMAN Ph.D